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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
21/01/2011 |
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Data da última atualização: |
03/06/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
BORTOLETI, K. C. A.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; BELARMINO, L. C. S.; OLIVEIRA, A. R. S.; NASCIMENTO, I. R.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C. |
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Afiliação: |
K. C. A. BORTOLETI, Universidade Federal de Pernambuco; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; A. M. BENKO-ISEPPON, Universidade Federal de Pernambuco; L. C. S. BELARMINO, Universidade Federal de Pernambuco; A. R. S. OLIVEIRA, Universidade Federal de Pernambuco; I. R. NASCIMENTO, Universidade Federal Rural de Pernambuco; A. C. BRASILEIRO-VIDAL, Universidade Federal de Pernambuco. |
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Título: |
Distribuição de microssatélites no genoma de leguminosas mediante hibridização in situ fluorescente. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... [Curitiba]: UFPR, 2010. p. 115. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Os microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no genoma. A FISH com oligonucleotídeos evidenciaram marcações pericentroméricas e proximais, embora um padrão de distribuição disperso tenha prevalecido ao longo dos cromossomos das espécies analisadas, com exceção de (AG)8 em soja que não revelou marcações visíveis. O oligonucleotídeo (AAG)5 revelou uma marcação pericentromérica evidente em P. lunatus, tratando-se de um marcador cromossômico para tal espécie. Na hibridização com (ACC)5 notou-se a presença de seis marcações fortes em V. unguiculata, estando uma delas localizada no par cromossômico 10, portador do sítio de DNAr 45S. O microssatélite (TGA)6 revelou uma marcação bem evidente no cromossomo 10 de P. lunatus, identificado pela presença de DNAr 5S. Algumas divergências observadas no padrão de distribuição e na intensidade dos sinais entre os genomas das espécies confirmam a hipótese de que as sequências de DNA repetitivo apresentam uma composição heterogênea. Na análise genômica de soja, foram observados 92, 84, 83, 142 e 103 sítios de repetições para os oligonucleotídeos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6, respectivamente, de tamanhos variáveis entre 30 a 454 pb, localizados, principalmente, em regiões de alta a moderada densidade gênica, por vezes associados a genes e elementos transponíveis. Considerando o pequeno tamanho, fica evidente que estas sequências não correspondem aos sítios observados pela FISH, uma vez que esta técnica evidencia apenas sequências com comprimentos acima de 1-3kb. Sugere-se que as marcações localizadas por FISH estejam associadas a regiões de heterocromatina e que sejam constituintes dos mais de 1.000 scaffolds existentes no sequenciamento da soja, não sendo, por essa razão, detectadas pela análise in silico. MenosOs microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no gen... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Microssatélites. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/25952/1/GP-115.pdf
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Marc: |
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520 $aOs microssatélites consistem em unidades de repetição (1 a 5pb) distribuídas em tandem, que podem estar dispersas ao longo dos genomas ou associadas a regiões heterocromáticas. Tais características têm permitido sua utilização na construção de mapas cromossômicos mediante hibridização in situ fluorescente (FISH), auxiliando no entendimento da organização genômica entre espécies proximamente relacionadas. O presente trabalho caracterizou a distribuição de oligonucleotídeos sintéticos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6 em Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata, V. radiata e Glycine max, identificando marcas cromossômicas para a comparação destas leguminosas. Lâminas foram hibridizadas com sondas de oligonucleotídeos e rehibridizadas com DNAr 5S e 45S, provenientes de Lotus japonicus e Arabidopsis thaliana, respectivamente. Em soja, esta análise estendeu-se a uma investigação genômica, a partir de sequências disponibilizadas no banco de dados SoyBase (http://www.soybase.org/), usando o programa BLASTN com os seguintes parâmetros: formato de saída de alinhamentos sem lacunas, matriz de comparação blossum62, valor W padrão, e-value 0.1 ou menor e filtro de baixa complexidade desligado. Os oligonucleotídeos [(AAG)5]10, [(AAC)5]10, [(AG)8]15, [(CTC)5]10 e [(TGA)6]10 foram utilizados como sondas, adotando como ponto de corte valores de identidade de pareamento inferiores a 77%, objetivando caracterizar número, tamanho e localização destas unidades de repetições no genoma. A FISH com oligonucleotídeos evidenciaram marcações pericentroméricas e proximais, embora um padrão de distribuição disperso tenha prevalecido ao longo dos cromossomos das espécies analisadas, com exceção de (AG)8 em soja que não revelou marcações visíveis. O oligonucleotídeo (AAG)5 revelou uma marcação pericentromérica evidente em P. lunatus, tratando-se de um marcador cromossômico para tal espécie. Na hibridização com (ACC)5 notou-se a presença de seis marcações fortes em V. unguiculata, estando uma delas localizada no par cromossômico 10, portador do sítio de DNAr 45S. O microssatélite (TGA)6 revelou uma marcação bem evidente no cromossomo 10 de P. lunatus, identificado pela presença de DNAr 5S. Algumas divergências observadas no padrão de distribuição e na intensidade dos sinais entre os genomas das espécies confirmam a hipótese de que as sequências de DNA repetitivo apresentam uma composição heterogênea. Na análise genômica de soja, foram observados 92, 84, 83, 142 e 103 sítios de repetições para os oligonucleotídeos (AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6, respectivamente, de tamanhos variáveis entre 30 a 454 pb, localizados, principalmente, em regiões de alta a moderada densidade gênica, por vezes associados a genes e elementos transponíveis. Considerando o pequeno tamanho, fica evidente que estas sequências não correspondem aos sítios observados pela FISH, uma vez que esta técnica evidencia apenas sequências com comprimentos acima de 1-3kb. Sugere-se que as marcações localizadas por FISH estejam associadas a regiões de heterocromatina e que sejam constituintes dos mais de 1.000 scaffolds existentes no sequenciamento da soja, não sendo, por essa razão, detectadas pela análise in silico.
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Embrapa Soja (CNPSO) |
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| 7. |  | WELKE, J. E.; NICOLLI, K. P.; PULGATI, F.; ZANUS, M. C.; ZINI, C. A. Relevant compounds of brazilian chardonnay wines and sparkling wines unveiled using comprehensive twodimensional gas chromatography. In: CONGRESSO LATINOAMERICANO DE CROMATOGRAFIA Y TÉCNICAS AFINES, 15.; CONGRESSO COLOMBIANO DE CROMATOGRAFIA, 7., 2014, Cartagena de Indias, Colombia. Presentaciones en poster: alimientos y bebidas. Bogotá: Sociedad Colombiana de Ciencias Químicas, 2014. p. 73| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 9. | | WELKE, J. E.; BARBARÁ, J. A.; ZANUS, M. C.; LAZZAROTTO, M.; ZINI, C. A. Determination of the possible contribution to aroma using odor activity values of volatile compounds of wines analyzed by comprehensive two dimensional gas chromatography. In: CONGRESSO LATINOAMERICANO DE CROMATOGRAFIA Y TÉCNICAS AFINES, 15.; CONGRESSO COLOMBIANO DE CROMATOGRAFIA, 7., 2014, Cartagena de Indias, Colombia. Presentaciones en poster: alimientos y bebidas. Bogotá: Sociedad Colombiana de Ciencias Químicas, 2014. p. 205| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Uva e Vinho. |
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| 12. | | WELKE, J. E.; HERNANDES, K. C.; NICOLLI, K. P.; BARBARÁ, J. A.; BIASOTO, A. C. T.; ZINI, C. A. Role of gas chromatography and olfactometry to understand the wine aroma: Achievements denoted by multidimensional analysis. Journal of Separation Science, v. 44, n. 1, p. 135-168, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 13. | | BIASOTO, A. C. T.; LAGO, L. O.; NICOLLI, K. P.; CAMARÃO, E. B.; ZINI, C. A.; WELKE, J. E. Characterization of risk exposure to carbonyl and furan compounds through wine consumption. In: WORLD VINE AND WINE CONGRESS, 39.; GENERAL ASSEMBLY OF THE OIV, 14., 2016, Bento Gonçalves. Vitiviniculture: technological advances to market challenges: abstracts. Bento Gonçalves: International Organisation of Vine and Wine, 2016. 1 Pen drive.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 14. | | LAGO, L.; NICOLLI, K. P.; BARBARÁ, J. A.; BIASOTO, A. C. T.; ZINI, C. A.; WELKE, J. E. Evaluation of toxic compounds produced during the elaboration of Syrah wines. In: CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 15.; CONGRESSO BRASILEIRO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 13., 2015, Bento Gonçalves. Resumos... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho: Associação Brasileira de Enologia, 2015. 1 Pen drive.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 15. | | LAGO, L.; NICOLLI, K. P.; BARBARÁ, J. A.; BIASOTO, A. C. T.; ZINI, C. A.; WELKE, J. E. Simultaneous determination of toxic compounds produced during fermentation of wine. In: CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 15.; CONGRESSO BRASILEIRO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 13., 2015, Bento Gonçalves. Resumos... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho: Associação Brasileira de Enologia, 2015. 1 Pen drive.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 16. | | LAGO, L. O.; NICOLLI, K. P.; BIASOTO, A. C. T.; CAMARÃO. E. B.; ZINI, C. A.; WELKE, J. E. Influence of stage of ripeness and time of maceration of Syrah grapes on levels of toxic compounds in wines. In: WORLD VINE AND WINE CONGRESS, 39.; GENERAL ASSEMBLY OF THE OIV, 14., 2016, Bento Gonçalves. Vitiviniculture: technological advances to market challenges: abstracts. Bento Gonçalves: International Organisation of Vine and Wine, 2016. 1 Pen drive.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 17. | | NICOLLI, K. P.; BIASOTO, A. C. T.; GUERRA, C. C.; SANTOS, H. P. dos; WELKE, J, E.; ZINI, C. A. Influence of vineyard managements on aroma of Merlot wines. In: WORLD VINE AND WINE CONGRESS, 39.; GENERAL ASSEMBLY OF THE OIV, 14., 2016, Bento Gonçalves. Vitiviniculture: technological advances to market challenges: abstracts. Bento Gonçalves: International Organisation of Vine and Wine, 2016. 1 Pen drive.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | BARBARÁ, J. A.; BIASOTO, A. C. T.; NICOLLI, K. P.; QUEIROZ, L. B.; SILVA, E. A. S.; CORREA, L. C.; WELKE, J. E.; ZINI, C. A. Evaluating the typicality of the aroma of Syrah tropical wines from the Sub-middle São Francisco Valley employing gas chromatography coupled to olfactometry detection (GC-O). In: CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 15.; CONGRESSO BRASILEIRO DE VITICULTURA E ENOLOGIA, 13., 2015, Bento Gonçalves. Resumos... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho: Associação Brasileira de Enologia, 2015. 1 Pen drive.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | NICOLLI, K. P.; BIASOTO, A. C. T.; SOUZA-SILVA, E. A.; GUERRA, C. C.; SANTOS, H. P. dos; WELKE, J. E.; ZINI, C. A. Sensory, olfactometry and comprehensive two-dimension algas chromatography analyses as appropriate tools to characterize the effects of vine management on wine aroma Food Chemistry, v. 243, p. 103-117, 2018. [online]| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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